衔接上季。忍者们离开神秘岛，但妮娅的水系元素突然失去了控制，在寻找问题之时，突然收到来自海底的一个能量波，于是闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿，里面生活着许多海怪（莫罗匹恩人），他们被一个叫特里玛的章鱼怪领导着，但是他的儿子卡尔玛却内心邪恶，他决定用两个护身符（风暴护身符和海浪护身符）来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”，来造出惊人的破坏力。卡尔玛为了实现计划，害死了他的爸爸并嫁祸忍者，后得到两个护身符，唤醒了沃杰拉，水淹忍者城。忍者城居民的处境十分危险。本多玛击碎卡尔玛的权杖，卡尔玛失去对沃杰拉的控制，被沃杰拉吞食。妮雅为了击败沃杰拉，不顾自身与海洋融为了一体，最终打败了沃杰拉，妮雅将海水带出忍者城，自己也留在了海水中。
塞斯·罗根 迈克尔·塞拉 玛丽昂·歌迪亚 爱德华·诺顿 威尔·福特 山姆·理查森 鲁丝·内伽 大卫·克朗姆霍茨 亚瑟·李斯特 马丁·斯塔尔 吉莉恩·贝尔 梅丽莎·维亚西诺尔 安德鲁·布劳尔 海利·乔·奥斯蒙 杰·费罗尔 麦尔斯·费舍 帕蒂·哈里森